1.顶上战争
这是一场由四皇级别的海贼团掀起的针对海军本部的全面进攻，在海贼王历史上绝无仅有，海军本部因此拿出了元帅 三大将 大部分七武海 和平主义者的阵容应对。
顶上战争是尾田策划了很长时间的一次剧情高潮，白胡子、艾斯死在了这场战争中，对整个世界局势造成了极大的影响，一位四皇的陨落导致了伟大航路后半段重新洗牌，新四皇黑胡子和第五皇路飞都是这种影响的结果。
2.元帅争夺战
海军本部在过去一直都是团结的，就算内部有点小矛盾，在外人眼里海军本部始终还是铁板一块，直到赤犬和青雉为了元帅的职位大打出手。
青雉受到部下们和战国的推崇，赤犬代表了海军高层的意愿，这两个人的战斗改变了庞克哈萨德的气候，也改变了海军。从此世人知道，海军内部也会有矛盾，藤虎的加入更是加深了这种印象，某种程度上降低了海军本部的威慑力。
3.清算仗
黑胡子是顶上战争的最大赢家，得到了白胡子的震震果实后，他把白胡子的大部分地盘都变成了自己的，并向白胡子的故乡发动了进攻。
守护在白胡子故乡的是马尔科，他带领着白胡子海贼团剩下的人反抗黑胡子，这一场战争被称为清算仗，要清算的是黑胡子杀掉白胡子老爹的仇。黑胡子最终取得了胜利，这场战争也直接把黑胡子捧上了四皇的宝座。
4.艾特沃尔海战
三大传说海贼中的两位：海贼王罗杰和金狮子史基之间爆发了一场海战，这场海战引起了海军元帅和大将的高度重视，海战规模前所未有。
金狮子当时的舰队极其强大，罗杰处于压倒性不利的境地，但老天帮罗杰的忙， 一场极端天气改变了战局，罗杰奇迹般地反败为胜。这场海战的意义在于阻止了金狮子统治大海的野心，还在金狮子的头上留下了重创。
5.金狮子之战
金狮子如果稍微有点理智，说不定他会是第一个发动顶上战争的人。他听闻罗杰即将被海军处死，一个人来到海军本部要带走罗杰，跟战国和卡普大战后被活捉。
这是一场1v2的战斗，金狮子没有带自己的手下前来，这种冒失导致了他的失败。金狮子被捕后，三大传说海贼只剩下一个白胡子，而金狮子那几乎要统治大海的庞大舰队群龙无首，很快被海军处理掉。这场战败让海军重新掌握了对大海的统治力。