自从多年前海边沙滩上工藤新一逗笑了赤井秀一，以福尔摩斯为目标的工藤新一说赤井秀一和华生医生一样优秀，这两个人就开始步向纠缠不清的命运。
赤井秀一凭优秀的个人能力顺利进入FBI，死咬着黑衣组织不放，改名换姓来到日本勾引宫野明美，加入黑衣组织卧底，被琴酒发现真实身份逃出组织，连累了宫野明美和她的妹妹宫野志保，之后赤井秀一直接跟着大部队在日本继续调查黑衣组织。
小工藤新一渐渐长大，成为高中生侦探，无意中发现黑衣组织的存在，被琴酒灭口，喝下毒药好运的没死成，缩小成小学生江户川柯南，协助同样被组织追杀的宫野志保，一边隐藏自己工藤新一的真实身份，一边努力捣毁黑衣组织。
移居到美国的工藤优作和有希子知道儿子出事的时候，来接新一去美国，凭优作的人脉在那边可以更好的保护新一，也更有希望拿到解药，可是毛利兰在日本，工藤新一还能去哪里？
从幼儿园开始新一就喜欢小兰，十几年从未离开对方太长时间，跟父母去美国以后想再见面就难了，而且新一也想自己解决自己的案件，不想靠父母帮忙。
工藤新一决定留在日本，江户川柯南就遇上了赤井秀一，虽然两个人都不约而同的忘记了十几年前见过一面的事，但再见面也是一见如故，互相怎么看怎么顺眼。
赤井秀一不知道返老还童药的事，只知道江户川柯南是一个小学生的时候，就愿意把自己的老命交给江户川柯南，与江户川柯南合作假死骗了琴酒。
工藤新一这辈子操心事特别多，与黑衣组织牵连上之后更担心身边人受害，工藤新一只与赤井秀一合作过一次，就产生了迷之信赖，把自己和未来媳妇连带邻居都打包交给赤井秀一也十分安心。
江户川柯南帮赤井秀一假死，变装成冲矢昴之后，干脆把工藤家借给冲矢昴住，从此赤井秀一就被工藤新一金屋藏娇了，那边傻琴酒以为秀一死了还挺开心，继续带着他的伏特加到处公款旅游。