百鬼丸的能力是与生俱来的，或者说是百鬼丸被魔神夺取器官时，所留下的魔神能力，以及自身强烈的求生欲才成就了百鬼丸高超的武技。
在一月新番《多罗罗》的设定中，主角百鬼丸还未出生就被父亲醍醐献祭给了魔神，以许愿获取领土的繁荣昌盛，因此在百鬼丸刚一出生，伴随者电闪雷鸣，动画中魔神们带走了百鬼丸的十二个器官，而在原作漫画中是四十八处器官。
人体器官至多超不过百，刚出生的婴儿百鬼丸瞬间带走了过半器官，而且多数都是非常重要的器官，如覆盖在人体表面的起保护作用的皮肤等，百鬼丸非但没有死于细菌感染，还顽强的活了下来，走上了寻回器官斩杀魔神的冒险之路。
这里除了有贵人相助外，如接生婆突发善念把百鬼丸放入小船中让其自生自灭，神秘高僧琵琶骨盲斩妖怪助百鬼丸飘走，还有寿海的养育之恩。百鬼丸能顽强的活下来，是与魔神千丝万缕的联系，魔神在带走百鬼丸器官的同时，百鬼丸也获得了部分的魔神能力，因为人类不可能被夺去半数器官而不死。
漫画中百鬼丸成长的过程也验证了百鬼丸身上残留的魔神之力，如几岁的百鬼丸为了救寿海而手刃过妖怪，百鬼丸奇特的体质会莫名的吸引妖怪前来，这让小台想起来另一部有着相似背景的动画《犬夜叉》，妖怪被吸引而来是因为百鬼丸身上的妖气吧。
在新番《多罗罗》已经播出的第二集中，万代在临死之前曾懊恼没有夺取百鬼丸身上的“那只”才会变成这样，万代之所能察觉出了百鬼丸就是被夺取器官的婴儿，也是因为百鬼丸身上残存的妖气，万代所说的“那只”即是百鬼丸的灵魂也是妖力吧。
另外漫画中百鬼丸有着动画中所没有的能力，那是虽然百鬼丸不能说话，但却能直接把声音印在人的脑海中，这种奇怪的能力都可以用妖力来解释，百鬼丸之所以武技高超，砍魔神如砍西瓜一样，都是因为身体内寄存的妖力所致。
有小伙伴就说了百鬼丸的能力都是高僧琵琶骨教会的。这里有误解，虽然漫画百鬼丸想要拜琵琶骨为师，但琵琶骨只是在口头上教导百鬼丸做人的道理，武功方面没有给过一丁点的指导呢。所以百鬼丸的能力是从夺取百鬼丸肢体的魔神身上硬留下的妖力，百鬼丸的强大就在于此！