高中生侦探工藤新一因为试图跟踪黑衣组织成员而被偷袭，并被灌下代号“APTX4869”的毒药，虽然幸免于死，但身体就此缩小成一年级小学生的模样，在阿笠博士的提议下，寄住于小兰的父亲毛利小五郎家中，不仅解决着各种案件，并且秘密调查黑衣组织。而他的真实身份一直隐藏在暗处，那么到目前为止都有什么人知晓他的真身呢？
阿笠博士
在新一被变小后，他介绍新一寄宿在毛利小五郎家中，而且还发明了许多设备帮助新一破案，是柯南最信任的理解者、协助者。柯南所使用的道具都是由其发明。现与灰原哀住在一起。爱车是大众甲壳虫。是第一个知道江户川柯南真正身份的人。
工藤优作，有希子
世界首屈一指的推理小说家，代表作品是《暗夜男爵》系列。推理能力在新一之上，与目暮警官是好友。他现与妻子工藤有希子定居在美国洛杉矶，经常周游世界，从阿笠博士处得知新一变小的事情。
有希子知道柯南的真实身份，假扮成柯南的母亲身份出现时，化名为江户川文代。
灰原哀
自己调查，之后由阿笠博士告知
